El primer gol llegó a los 51 minutos a través de Ezra Hen, que sacó un disparo potente desde fuera del área y el balón pegó en el poste antes de entrar al marco defendido por Noel Valladares.
Sin reacción ofensiva por parte de Honduras la puntilla la puso a los 76 minutos Abihazira Shimon.
Israel, que jugó sin su delantero estrella, Eden Ben Bassat, del Tolousse francés, se mostró ampliamente superior a la selección que dirige el colombiano Luis Fernando Suárez, cuya mira está puesta en el partido de eliminatorias del 7 de junio contra Costa Rica.
Suárez propició el debut en el segundo tiempo del novato Jonathan Mejía, nacido en España, quien sustituyó a los 60 minutos al delantero Rony Martínez.
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También vieron acción Wilson Palacios, de vuelta tras una larga ausencia de la selección, quien fortaleció el poder de ataque.
Andy Nájar también contribuyó a cambiar la cara del equipo, que a los 86 minutos tuvo un gol anulado.
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Tras el partido del viernes contra Costa Rica en San José, la selección de Honduras recibirá el 11 de mayo a Jamaica y el día 18 viajará a la ciudad estadounidense de Sandy (Utah) para enfrentar al equipo de las barras y las estrellas.
Honduras ocupa el cuarto puesto, con cuatro puntos, del hexagonal final de las eliminatorias de la Concacaf, que concede tres plazas directas en Brasil 2014 y el derecho al cuarto a una repesca.
Disputadas tres jornadas, el Hexagonal final lo lidera Panamá con cinco puntos, uno más que Costa Rica y Estados Unidos, que es tercero.
La selección de México es quinta con tres enteros y Jamaica cierra la clasificación con os.
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El partido le sirvió a Israel como "entrenamiento", al que se sumarán otros amistosos antes de volver en septiembre a los compromisos de la fase de clasificación del mundial de Brasil 2014.
Israel, que disputó más de 200 partidos amistosos, sólo 16 fueron contra selecciones latinoamericanas como Argentina y Uruguay, en cinco ocasiones cada una; Brasil en tres, Chile en dos y México en una, siendo el encuentro frente a Honduras el primero con un rival centroamericano.
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Ficha técnica:
Honduras: Noel Valladares; Bryan Beckeles, José Velásquez, Juan Pablo Montes, Juan Carlos García; Boniek García, Luis Garrido, Roger Espinoza, Emilio Izaguirre; Carlos Costly y Rony Martínez. Seleccionador: Luis Fernando Súarez.
Israel: Ariel Harush; Yuval Shpungin, Itay Tibi, Tal Ben Haim Rami Gershon; Shiran Yeini, Eran Zahavi, Maor Melikson, Lion Rafaelov, Yossi Benayoun y Itay Shechter. Seleccionador: Eli Guttman.
Goles: 0-1, m.51: Ezra Hen. 0-2, m.76: Abihazira Shimon.
Incidencias: Partido amistoso de preparación para la eliminatorias mundialistas de Brasil 2014 disputado en el Citi Field Stadium, de Nueva York, ante más 15.000 espectadores.
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