El trabajo del "Kun", que suma ocho tantos en cinco jornadas, no fue suficiente para mantener la racha de los de Roberto Marcini en la liga inglesa.
El City encadena además su segundo empate consecutivo, después de tropezar frente al Nápoles en el inicio de la Champions esta semana.
El empate del City en la quinta jornada de la Premier le dejó libre el camino al Manchester United, que lidera la tabla en solitario tras superar al Chelsea en Old Trafford por 3-1.
En Craven Cottage, Mancini volvió a dejar al también argentino Carlos Tévez en el banquillo al inicio del choque, tal y como ha hecho en la mayoría de encuentros esta temporada, y optó por el bosnio Edin Dzeko como pareja atacante junto al "Kun".
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El Fulham saltó al campo con una defensa adelantada que trataba de destruir el juego del City en la zona de creación, mientras David Silva y Samir Nasri trabajaban para organizar el juego de los "citizens" y conectar con Agüero y Dzeko.
Tras un inicio dubitativo, el City encontró el pulso del partido a los quince minutos e inauguró el marcador en una de sus primeras llegadas con peligro a la meta de Schwarzer.
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Una rápida combinación con Silva sirvió para que Agüero se adelantara en el minuto 18 a la última línea del Fulham, que se quedó estática reclamando un fuera de juego, y rematara a placer su séptimo gol en cinco jornadas de liga.
Tras el tanto del argentino, el Fulham perdió la confianza que había mostrado en los primeros minutos y dejó que el City se hiciera con el control del balón e impusiera su fútbol de toque.
Los de Mancini buscaron antes del descanso ampliar su ventaja en el marcador pero a pesar de su dominio sobre el juego encontraban dificultades para crear peligro en la portería rival, por lo que el Fulham se atrevió de nuevo a hacer circular la pelota y el choque recuperó algo de su equilibrio inicial.
Tras la charla del entrenador en el vestuario, el City saltó al campo conjurado para cerrar el partido cuanto antes y Agüero no tardó ni un minuto en disparar un balón desde el borde del área, que se coló pegado al poste izquierdo de la meta del Fulham.
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Con dos goles de ventaja, los de Mancini se veían con los tres puntos en el bolsillo y relajaron su juego, permitiendo que el Fulham volviera a crear peligro.
En el minuto 55, el inglés Bobby Zamora encajó en la esquina derecha de la portería de Joe Hart el 1-2 y, en el 75, Murphy completaba la remontada de los locales ante la incredulidad de los de Mancini.
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El técnico italiano dio entrada al argentino Pablo Zabaleta en lugar de Silva para refrescar el centro del campo y sentó en el banco a Agüero para dar la oportunidad a Tévez de salvar los tres puntos.
Pero, a pesar de los intentos por sumar un nuevo tanto, los "citizens" fueron incapaces de encontrar de nuevo la red de Schwarzer y se fueron de Londres con la sensación de haber perdido un encuentro que tenían controlado.
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